Клинический геном

Ваш город:

Москва

Подольское шоссе, дом 8, корпус 5 (метро Тульская)

Клинический геном — это исследование ДНК пациента, которое может идентифицировать молекулярную причину генетического нарушения у людей с подозрением на наследственное заболевание.

Этот комплексный клинический тест включает анализ кодирующих и клинически значимых некодирующих участков всех ядерных и митохондриальных генов человека, структурные перестройки хромосом (микроделеции/ микродупликации) и другие нарушения.

Клинический геном

Варианты в кодирующих участках генома человека являются наиболее частой причиной генетической патологии.

Клинический геном полностью покрывает все регионы, которые покрываются полным исследованиям экзома. При этом детектируются все однонуклеотидные, мультинуклеотидные варианты и малые вставки/ делеции в экзонах и сплайс-зонах всех генов человека.

Все варианты в кодирующих областях всех генов человека

В базе клинических вариантов CLINVAR описано более 13 тысяч патогенных или вероятно патогенных вариантов, которые расположены в интронных и нетранслируемых участках генома.Такие варианты не обнаруживаются при полном секвенировании экзома.

Клинический геном включает таргеты, покрывающие все координаты генома, в которых присутствуют патогенные варианты.

Патогенные варианты в интронных и регуляторных участках всех генов

Митохондриальная патология имеет разнообразные признаки, зачастую перекрывающиеся с фенотипом синдромов, связанных с вариантами в ядерном геноме.
Одновременный поиск патогенных вариантов в митохондриальном и ядерном геномах позволяет точнее определить причину болезни.

Клинический геном включает таргеты, полностью покрывающие митохондриальный геном.

Митохондриальные варианты

Анализ четырех видов патологии одновременно делает исследование более информативным, экономичным и сокращает время диагностики заболевания

В настоящее время полное секвенирование экзома и панели не являются стандартными методами определения CNV, хотя и позволяют их обнаружить во многих случаях.

Клиническое секвенирование генома позволяет определять структурные перестройки с большей точностью, чем полное секвенирование экзома, за счет большего количества таргетных регионов. Тест позволяет определить все известные микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Клиническое секвенирование генома заменяет четыре отдельных теста!

Вариации числа копий генов — CNV

В случаях, когда клинические данные или семейный анамнез позволяют предположить наличие основной генетической этиологии.

Для диагностики генетически и фенотипически гетерогенных заболеваний.

Для выявления у пациента генетического заболевание, не обнаруженного ранее другими методами.

Для понимания необходимости и эффективности медицинского вмешательства и/ или лечения.

Для подтверждения предполагаемого генетического диагноза.

Для планирования рождения здорового ребенка.

Чтобы определить прогноз (при наличии в семье ребенка с генетической патологией или подозрением на нее).

Генетика

Онкология

Неврология

Кардиология

Терапия

Нефрология

Дерматология

Эндокринология

Показания к назначению клинического секвенирования генома

Применение во всех областях медицины

Необходима консультация лечащего врача

Примерно 13 000 дополнительных регионов покрываются клиническим секвенированием генома

В большинстве случаев причиной генетического заболевания является генетический вариант, нарушающий структуру области гена, кодирующей белок (экзон). Именно поэтому все тесты направлены на анализ этой области. В то же время значимая часть патогенных вариантов находится вне кодирующей области. Часть из них находится в непосредственной близости к экзону. Но такие участки обычно имеют меньшее покрытие целевыми зондами и точность анализа в них хуже. Другие патогенные варианты находятся на отдаленном расстоянии и не включаются в полное исследование экзома.

Интронные и регуляторные области генов с известными патогенными вариантами

Высокое покрытие в сайтах сплайсинга и фланкирующих регионах

Дополнительные регионы, покрываемые клиническим секвенированием генома

Клиническое секвенирование генома в лаборатории ГЕНОМЕД включает специальные зонды, покрывающие именно такие регионы, что обеспечивает высокое качество анализа фланкирующих областей и включает интронные и регуляторные области, не покрываемые полным секвенированием экзома.
Таким образом, исследование этих дополнительных, регионов, ассоциированных с заболеванием, но не входящих в кодирующую область генов, повышает вероятность правильной диагностики.

Охват: Все известные клинические фенотипы и связанные с ними гены.

Вариации числа копий генов: Дополнительные зонды для сложных и некодирующих областей генома обеспечивают детекцию CNV c повышенной точностью. Это увеличивает вероятность обнаружения генетической патологии без дополнительных затрат.

Мутации в некодирующих областях: Охват всех регионов генома, в которых описаны патогенные мутации. Около 13 000 аннотированных в ClinVar и HGMD в некодирующих и промоторных областях генов.

Обогащенные участки: Дополнительные зонды для улучшенного покрытия в трудных участках для более равномерного покрытия.

Компетенции: Необходимые этапы контроля качества на протяжении всего рабочего процесса, от обработки лабораторной пробы до ее интерпретации, обеспечивают достоверность и точность результатов.

Геномные базы данных: Собственная база данных и использование международных открытых и коммерческих геномных баз данных.

Почему клиническое секвенирование генома от
лаборатории «Геномед» лучше?

% покрытия таргетных участков в генах

Clinvar

HGMD

OMIM

ACMG

База данных мутаций генов человека

Менделевское наследование у человека

База данных генетических вариантов человка и их связью с болезнью

Американский колледж медицинской генетики

Курируемые базы данных, используемые для анализа результатов клинического генома

Клиническое секвенирование генома в лаборатории «Геномед» является тестом, который разработан специально для клинической диагностики генетических заболеваний. В него включены все гены и другие клинически значимые участки генома.

Дизайн проб для селекции таргетных участков ДНК сделан так, чтобы обеспечить их максимально равномерное покрытие.

Алгоритм анализа включает аннотацию, приоритизацию и группировку обнаруженных вариантов в соответствии с их клинической значимостью и фенотипом пациента.

Панели генов покрывают часть клинически важных генов и подходят для пациентов со специфичным фенотипом

Клинический геном покрывает все гены и другие участки. Нет избыточных данных. Скорость, простота и точность анализа

Полный экзом, покрывая все клинически значимые гены, не покрывает другие клинически значимые участки генома. Большая часть данных не используется и осложняет работу по их анализу

Тест разработан специально для диагностики генетических заболеваний

Комплексный и эффективный метод анализа ДНК для определения генетической причины заболеваний.

Может использоваться при нескольких аутосомно-доминантных, рецессивных и Х-сцепленных расстройствах.

Экономичность, особенно при широком спектре генетических нарушений с перекрывающимся фенотипом.

Заключение о клинически значимых мутациях генов, вызывающих заболевание, на основе OMIM, HGMD, ACMG.

Обнаружение как новых, так и ранее описанных патогенных генетических вариантов.

Повышение эффективности диагностики за счет:

Высокой точности секвенирования

Комбинации нескольких методов

Однозначности в интерпретации

+

Моногенные заболевания

Все

Покрытие при> 20x

Источник аннотации

ClinVar, HGMD, Ensembl, OMIM, RefSeq, PubMed

Микроделеционные синдромы

Все

98,5% для клинически релевантных участков

Характеристика теста «Клиническое секвенирование генома»

> 98%

Клинический геном

Один

Трио

Подтверждение выявленного варианта по Сэнгеру

Образец

Пробанд

Родители и пробанд

Требования к образцам

цельная кровь или выделенная ДНК хорошего качества

Срок исполнения

60 рабочих дней

30 рабочих дней

Исследования сегрегации

Секвенирование по Сэнгеру в отдельном исследовании

В рамках анализа

По запросу врача/
для подтверждения происхождения варианта

Родители и пробанд

цельная кровь или выделенная ДНК хорошего качества

Варианты выполнения теста
«Клиническое секвенирование генома» в лаборатории «Геномед»

Новейшие технологии.

Всего в результате исследования выявляется примерно
30 тысяч генетических вариантов.

Каждый вариант оценивается на наличие признаков патогенности на основе рекомендаций профессионального сообщества медицинских генетиков (ACMG).

Варианты, имеющие признаки патогенности, классифицируются и приоритизируются на основе количества и значимости каждого признака.

В заключении варианты группируются по вероятности их связи с заболеванием на основе описанного фенотипа пациента.

Качественное обслуживание клиентов.

Точную интерпретацию результатов.

Консультации с нашими врачами-генетиками.

Заключение по результатам исследования

Данные секвенирования систематически пересматриваются, и в случае появления новой информации о значимости найденного ранее варианта об этом сообщается пациенту. Мы обеспечиваем наилучшую доступную поддержку для ваших пациентов и их семей через:

Принять обоснованное решение.

Медико-генетический центр «Геномед» предлагает всем пациентам генетическое консультирование до и после тестирования.
Это позволит:

Понять риск, если таковой имеется.

Обсудить значение результата.

Подключиться к специализированным ресурсам или группам поддержки.

Консультация генетика

Узнать о способах профилактики повторного рождения ребёнка с наследственным заболеванием в семье.

Полное секвенирование генома на сегодняшний день является наилучшим выбором для диагностики генетической патологии. Но даже и оно не выявляет всей возможной генетической патологии*.

Существует мнение, что полное секвенирование генома покрывает все участки генома. Но это не так. Множество участков генома имеют псевдогены и повторяющиеся области , которые однозначно не картируются на референсный геном и исключаются из анализа. В большинстве случаев так же плохо определяются короткие тандемные повторы.

Чем клиническое секвенирование генома отличается от полного секвенирования генома?

При полном секвенировании генома определяется структура межгенных участков, которая не имеет клинического значения. Около 99% информации, получаемой при полном секвенировании генома, бесполезно. В то же время это влияет на стоимость исследования. Даже при полном секвенировании генома причина заболевания выявляется примерно в 50% случаев, когда есть признаки генетической патологии у пациента.

Клиническое секвенирование генома является альтернативой полному секвенированию генома и определяет 99% патогенных вариантов, выявляемых полным секвенированием генома. При этом стоимость исследования в 2 раза меньше.

Определяемая патология

Полное секвенирование генома

Клиническое секвенирование генома

Клиническое
значение

Однонуклеотидные, мультинуклеотидные варианты и малые вставки/ делеции в кодируемых областях генов

Да

Являются причиной генетической патологии в 60% случаев

Однонуклеотидные, мультинуклеотидные варианты и малые вставки/ делеции в некодируемых областях генов

Да

Являются причиной генетической патологии в 6% случаев

Варианты в митохондриальном геноме

Да

Являются причиной генетической патологии в 8% случаев

Вариации числа копий генов

Да

Да, в клинически релевантных регионах, покрываемых таргетами

Являются причиной генетической патологии в 25% случаев

Сбалансированные транслокации

Да

Нет

В связи с высокой частотой в популяции их сложно интерпретировать

Точки разрывов

Да

Да, в клинически релевантных регионах, покрываемых таргетами

Имеют значение, если точка разрыва приходится на клинически значимый ген

* Диагностическая эффективность полного секвенирования генома только на 2% выше полного секвенирования экзома (Caroline F. Wright, 2019)

Клиническое обследование пациента, описание фенотипа, семейная история.
Инструментальные исследования и общеклинические тесты

Клиническая гипотеза

Аутизм, задержка развития, множественные врожденные пороки развития, признаки микроделеционого (микродупликационного) синдромов или другой хромосомной патологии

Специфические признаки определенного моногенного заболевания или группы заболеваний со сходным фенотипом

«Широкий» фенотип. Вероятность как моногенного заболевания, так и хромосомной патологии. Необходимость дифференциальной диагностики с множеством синдромов

Хромосомный микроматричный анализ

Панели генов

Клинический экзом

Клинический геном

Полный геном

Полный экзом

Какой генетический тест выбрать?

В базе клинических вариантов CLINVAR описано более 13 тысяч патогенных или вероятно-патогенных вариантов, которые расположены в интронных и нетранслируемых участках генома. Такие варианты не обнаруживаются при полном секвенировании экзома.

Клинический геном включает таргеты, покрывающие все координаты генома в которых присутствуют патогенные варианты.

Митохондриальная патология имеет разнообразные признаки, зачастую перекрывающиеся с фенотипом синдромов связанных с вариантами в ядерном геноме.
Одновременный поиск патогенных вариантов в митохондриальном и ядерном геноме позволяет точнее определить причину болезни

Клинический геном включает таргеты, полностью покрывающие митохондриальный геном.

В настоящее время полное секвенирование экзома и панели не являются стандартами методами определения CNV, хотя и позволяют обнаружить их во многих случаях.

Клиническое секвенирование генома позволяет определять структурные перестройки с большей точностью, чем полное секвенирование экзома за счет большего количества таргетных регионов. Тест позволяет определить все известные микроделеционные и микродупликационных синдромы.

Клиническое секвенирование генома лаборатории «Геномед» сфокусировано на клинически релевантных участках генома

Панели

Клинический экзом

Полный экзом

Клинический геном

Полный геном

Полный экзом - 20%

Клинический геном - 26%

Полный геном - 2%

Клинически релевантные данные:

Из теста исключены клинически незначимые участки генома, что дает возможность сбалансировать покрытие всех исследуемых участков, упростить анализ данных и снизить стоимость исследования

Избыточные данные

Клинически релевантные данные

Выберите свой город